Trả lời Công ty cổ phần Oristar về chính sách thuế, Cục thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:
1.    Căn cứ công văn 36242/CT-HTr trả lời về vướng mắc đối với dự án đầu tư khác tỉnh tại công văn 05/2016/CV-ORISTAR:
-       Chi nhánh được thay mặt doanh nghiệp quản lý dự án thì phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế thì chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT.
-       Chi nhánh không có chức năng quản lý dự án mà dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động thì doanh nghiệp lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh. Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
2.    Căn cứ quy đinh trên, khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế thì doanh nghiệp phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
 
Hướng dẫn tại công văn 45540/CT-HTr ngày 07/07/2016 của Cục thuế TP Hà Nội.