1. Kê khai thuế GTGT tính theo phương pháp trực tiếp trên GTGT:
- Đối tượng áp dụng:Doanh nghiệp kinh dooanh hoạt động mua bán vàng bạc, đá quý.
- Cách tính thuế: 
Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng giá trị gia tăng nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% áp dụng đối với hoạt động mua, bán, chế tác vàng bạc, đá quý.
Giá trị gia tăng của vàng, bạc, đá quý được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ (-) giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng.
- Hồ sơ kê khai:Mẫu 03/GTGT.
2. Kê khai thuế GTGT tính theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu:
- Đối tượng áp dụng:
+ Doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng (trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế).
+ Doanh nghiệp mới thành lập (trừ trường hợp được phép đăng ký tự nguyện: là doanh nghiệp thuộc dự án đầu tư, hoặc DN bạn có hóa đơn mua máy mọc thiết bị đầu vào từ 1 tỷ trở lên ( không bao gồm ô tô dưới 9 chỗ ngồi với công ty không kinh doanh du lịch, khách sạn, vận tải).
+ Hộ, cá nhân kinh doanh;
- Cách tính thuế GTGT:
Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu
Trong đó:
Tỷ lệ %để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định theo từng hoạt động như sau:
- Phân phối, cung cấp hàng hóa: 1%;
- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
- Hoạt động kinh doanh khác: 2%.
Chi tiết xem tại đây: Danh mục ngành nghề áp dụng tính thuế GTGT theo tỷ lệ doanh thu.
Doanh thuđể tính thuế GTGT là tổng số tiền bán hàng hóa, dịch vụ thực tế ghi trên hóa đơn bán hàng đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bao gồm các khoản phụ thu, phí thu thêm mà cơ sở kinh doanh được hưởng.
 
Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.
Ví dụ: Công ty Kế Toán Thiên Ưng là doanh nghiệp kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp. Công ty Kế Toán Thiên Ưng có doanh thu phát sinh từ hoạt động bán phần mềm máy tính và dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp thì Công ty Kế Toán Thiên Ưng không phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ (%) trên doanh thu từ hoạt động bán phần mềm máy tính (do phần mềm máy tính thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT) và phải kê khai, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 5% trên doanh thu từ dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp.
- Hướng dẫn cách kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu:
+ Hồ sơ kê khai:Mẫu 04/GTGT. ( kèm theo phụ lục 04-1/GTGT)

+ Cách làm tờ khai mẫu số 04/GTGT:
Với phương pháp tính thuế GTGT trực tiếp trên doanh thu này chúng ta không quan tâm đến chi phí, mà chỉ quan tâm đến doanh thu được ghi trên các hóa đơn bán hàng mà công ty các bạn đã xuất ra:
Tất cả những ô, chỉ tiêu màu xanh các bạn không thể điền mà phần mềm sẽ tự tổng hợp dữ liệu, chúng ta chỉ cần lựa chọn đúng tỷ lệ % trên doanh thu theo ngành nghề của công ty bạn ở các chỉ tiêu: 21, 22, 24, 26 và 28 trên tờ khai. Cụ thể như sau:
+ Chỉ tiêu [21]  là tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế suất 0% và không chịu thuế GTGT (không phân biệt nhóm ngành kinh doanh).
+ Cột (4)“Doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế” và Cột (5) “Tỷ lệ GTGT”  được chi tiết theo từng nhóm ngành nghề thuộc danh mục nhóm ngành nghề.
+ Chỉ tiêu [22] là tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT thuộc nhóm ngành “Phân phối, cung cấp hàng hóa”.
+ Chỉ tiêu [24] là tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT thuộc nhóm ngành “Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu”.
+ Chỉ tiêu [26] là tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT thuộc nhóm ngành “Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu”.
+ Chỉ tiêu [28] là tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT thuộc nhóm ngành kinh doanh khác, không thuộc các nhóm ngành đã nêu trên.
+ Chỉ tiêu [32] Tổng doanh thu phần mềm tự tổng hợp : = [21] + [30]
+ Chỉ tiêu [33] Tổng số thuế GTGT phải nộp: số tiền xuất hiện ở chỉ tiêu này chính là số tiền thuế mà doanh nghiệp phải mang đi nộp vào ngân sách nhà nước trong kỳ tính thuế.
Các chỉ tiêu trên sẽ được phần mềm tự động cập nhật từ bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ bán ra ở phụ lục 04-1/GTGT:

- Nhìn vào bảng kê hóa đơn chứng từ hàng hóa dịch vụ bán ra mẫu 04-1/GTGT kèm tờ khai 04/GTGT: 
+ Để bỏ các chỉ tiêu “Ký hiệu mẫu hóa đơn”, “Ký hiệu hóa đơn”, “Mặt hàng”
+ Chỉ tiêu “Ngày, tháng, năm lập hóa đơn” kê khai vào cột “Ngày, tháng, năm phát hành”
+ Chỉ tiêu “Doanh thu” kê khai vào cột “Doanh số bán”
Các bạn chỉ cần xác định đúng mức tỷ lệ thuế suất của mặt hàng công ty mình kinh doanh để nhập vào phụ lục là xong.
Chú ý:Cơ sở kinh doanh nhiều ngành nghề có mức tỷ lệ khác nhau phải khai thuế GTGT theo từng nhóm ngành nghề tương ứng với các mức tỷ lệ theo quy định; trường hợp người nộp thuế không xác định được doanh thu theo từng nhóm ngành nghề hoặc trong một hợp đồng kinh doanh trọn gói bao gồm các hoạt động tại nhiều nhóm tỷ lệ khác nhau mà không tách được thì sẽ áp dụng mức tỷ lệ cao nhất của nhóm ngành nghề mà cơ sở sản xuất, kinh doanh.